Одно из них — произошедшее в Half-Life: Alyx действительно является сюжетной дырой, которую сценаристы допустили, из-за незнания сюжета HL2. Возможно, Half-Life: Alyx делали совершенно другие люди, не знающие, как было в частях серии, которые вышли раньше, все таки 13 лет прошло

Странно, что ты вник в тонкости вселенной игры, а загуглить, что сценаристы Уолпа и Пинкертон работают в Valve c 2004-2008 годов не смог.

У меня только одна нелепая версия: G-Man вернет Аликс из стазиса для выполнения какого-то задания, после которого у нее отшибет память и она не будет знать, что отретконила события 2го эпизода. Затем встроится в оригинальный таймлайн HL2 + Эпизоды. Но это никак не объясняет, почему в ангаре Белой Рощи она опять пропала. Возможно, Джимен снова на смену вызвал, хз. Меня в целом устраивает то, как развивается сюжет после ухода Лэйдлоу. Уверен, что какое-то логичное объяснение в следующих играх обязательно будет.