Прохоров называет структуру Metro: Exodus аккордеоном: каждый уровень расширяется или сужается в зависимости от того, что нужно для повествования, поскольку сюжет всё ещё остаётся центральным элементом игры. В ней Артём, протагонист серии, будет путешествовать на восток России на поезде вместе с группой выживших. Хронологически действия игры займут 12 месяцев, поэтому, по словам Прохорова, игроки будут видеть смену времён года.