Смотреть обе. Или не смотреть. Лично я читал мангу и смотрел обе версии, и во всех трёх хорошее начало и идея, и трое очень уж затянуты. Начало похожее, потом первый сериал идёт отдельно от манги и Братства. Лучше или хуже? Не могу сказать, оба в итоге скатываются в типичный Наруто и Драгон Болл, где неважно ЗАЧЕМ, важно чтобы персонажи просто ходили туда-сюда и дрались. И даже притом, что серии тут несравненно меньше чем в подобных сериалах, он всё равно затянут, потому что идея "а кабы да если были такие алхимики" не идёт дальше этого "а кабы да если", какой-то особенной мысли и позиции в сериале нет кроме равноценного обмена, которую мусолят с первой по последнюю серию. 

Если чуть подробнее, то скажу так - в первом сериале общая постановка лучше, ракурсы, вообще качественнее выглядит с точки зрения режиссуры. В Братстве мне экшн показался более динамичным, сама визуально яркая. Манга хороша тем, что её гораздо быстрее можно проглотить, особенно задумываться тут не над чем, а события постоянно идут вперёд, что в принципе не скучно. Сюжет везде скатывается в пошлость и затянутость. Концовка мне не понравилась вообще ни в одном из произведений, но в первом сериале она более открытая, поэтому я к ней склоняюсь всё же. Фильм после неё не смотрел и не собираюсь. 

В общем, главное особо многого не ожидать. В целом нормальное развлечение, что первый сериал, что второй. Если можете, то начните с манги, а потом решите, нужна ли вам та же история, или хотите посмотреть альтернативную версию событий. Если мангу не хотите, включайте первый сериал, через пару лет второй посмотрите. Я не вижу тут фундаментальной разницы в плане "важности" просмотра - не такое это произведение, которое подарит особый опыт только в определённой версии.