Советую поставить Fallout 4 mod manager и ставить моды при помощи его. Они не будут заменять файлы игры, а лишь работать поверх, если напротив мода стоит галочка, соответственно, если что-то пойдёт не так, то найти виновника будет очень легко
Но качать моды всё равно удобнее через нексус, хоть и с раковым лаунчером и лимитом на закачку
Из самих модов обязательно советую Live Dismemberment и лучшую сюжетную модификацию из видео ниже 
https://youtu.be/C4WppVAJwwE