Смотря какие приоритеты.
Во-первых, антураж. Первая про древний мир, вторая - средневековье, третья - колонизация.
Во-вторых, техническая часть. Первые две - 2D, третья - 3D. В неё и обычную поиграть можно, fullHD и так поддерживает. Третья часть со всеми аддонами официально на русский не переведена.
В-третьих, повествование и сюжет. В первой части межмиссионные тексты про нации и события в целом (вроде кратких исторических справок); во второй уже идёт повествование про исторических личностей (Жанна Д'Арк, Барбаросса, Саладдин и др.) с текстами с картинками между миссиями и даже иногда разговорами в самой игре; в третьей появляются ролики на движке, но героями становятся вымышленные персонажи, которые могли бы быть в те времена. От историчности игра отходит к приключениям и клюкве.
В-четвёртых, геймплей. Вторая часть по сути как первая, но с большим набором возможностей и войск. Третья оказуалилась в некоторых элементах (рабочим больше не нужно таскать ресурсы на склады, появились бесконечные источники ресурсов), появилось некое подобие прокачки. В мультиплеере наиболее популярна вторая часть.