Ну, поскольку это расширение, оно как раз и не предусматривает, что его будут использовать в ночном режиме, в то время как стандартная новая страница Хрома предусматривает

У тебя 2 выхода
1) Написать автору расширения, чтобы он добавил проверку, что если у браузера темная тема, пусть начальная новая вкладка откроется не белой, а черной.

2) Залезть в код расширения и отредактировать это самому :)