помимо того, что их разделяет 300 лет, Малак был обычным злодеем который делал зло потому что он злой (маниакальный смех в придачу), у Малгуса же была своя идея о том как надо организовать порядок в галактике и он к этой цели шел почти всю базовую игру (во флешпоинте "Ложный император" это очень хорошо заметно). Потом конечно случились Jedi Under Siege и Onslaught и что он теперь хочеть помимо абсолютной власти пока не очень понятно (хотя новое дополнение в декабре как раз про него и должно это прояснить)

Два принципиально разных персонажа.