события «Логана» начинаются через пять лет после всего показанного во вселенной Людей Икс

В принципе за 5 лет могло много чего произойти. Стражи исчезли, Логан вернулся в будущее без войны и Стражей, но это не отменяет того, что в этом мире происходили совершенно другие проблемы, о которых говорили в Логане. Программу Стражей запретили и люди придумали другой способ бороться с мутантами, что вылилось в события Логана.

Вот как раз Апокалипсис и Феникс тут лишние. Поэтому можно считать что на Логане Люди Икс и закончились.