Я много часов потретил на ковыряние в лоре. Проблема в том, что в фильме нет достаточного количества информации для его понимания. Например, откуда у Нео способности отключать машины дистанционно, или как он выходил в матрицу без провода, но это объясняется, внимание, в игре enter the matrix, сюжет которой писали Вачовски и он каноничный. Многое объясняется в animatrix.
Вторая и третья очень сложны для понимания сюжета, 95% зрителей его не поняли в своё время, включая меня, что подпортило репутацию сиквелам. Когда смотришь фильм с углублённым пониманием лора, особенно про пифию, то кайф огромный, трилогия воспринимается целостной и законченной, для меня близкий пример это трилогия ВК. 
Такие дыры в сюжете 2 и 3-й, которые нужно восполнять из сторонних источников - это косяк вачовски. Может куски сюжета были вырезаны в продакшене, как обычно бывает.