Сюжет: настоящий, то есть новый, Морфеус вытаскивает "мертвых" Тринити и Нео из матрицы. Зион никогда не существовал и его никто не освобождал. Все суперсилы Нео были из-за того Зион лишь подуровень матрицы. Настоящий реальный мир это технологическая утопия с городами из стекла где улицы всегда пусты, а человечество используется в качестве видео-карты для множества простейших расчетов.