Как мне видится одно из объяснений, почему машины не держат людей в коме только из-за энергии, а поселили в матрицу, где те могут социализироваться и жить нормальной жизнью - стремление сохранить человеческий вид и человеческое общество для будущего, в котором тучи рассосутся и землю можно будет вновь заселять. Машинки добрые, берегут человеков от самих себя и собственной разрушительной натуры. Воспитывают потихоньку в виртуальном мире. Клонируют даже, ну а как еще размножать-то. Эко не по православному будет! Короче рай настанет обязательно. Когда-нибудь. А пока существует прагматичный симбиоз и новая экосистема для человечества, в которой оно внезапно не венец мироздания, а просто составная часть, отчего у сторонников антропоцентризма прям сильно подгорает.

Хейтеры теории "Зион - тоже матрица", как-то забывают, что Нео после отключения просто слили в унитаз, хотя Морфеус минутой позже говорит, что даже мертвых перерабатывают в питательный материал для живых. Отрубать бунтарей от системы и вот так сливать их всех (250 тысяч рыл) в канализацию не очень-то рационально со стороны машин. Они ж там будут по туннелям шариться, трогать всякое и расходовать тепло куда не следует (хотя по словам Морфеуса у машин есть технология термоядерного синтеза, отчего получение 120В + 6000 калорий тепла с человека выглядят смехотворно)! А вот давать копротивленцам возможность проводить митинги без согласования и шатать систему во втором слое абсолютно безопасно для основной системы - как раз прагматично и умно. Пусть там - в дальнем углу реализуют свою деструктивную натуру и назло мамке отмораживают уши, все-равно от них ничего не зависит. Обидка для одних, порядок для других. Ничего личного. С меньшинством всегда так, пора бы усвоить. Империя в ЗВ тоже кста все делала правильно, просто не фартануло.

Главный мотив фильма - выжить, ему следуют и люди, и машины, и программы, он же является конфликтом интересов. Как верно подметил Смит - человек не может жить в гармонии с окружающей средой. Даже с искусственной средой типа матрицы. Жили на земле, все засрали, уничтожили - затянули тучами в непонятной войне с машинами, причин которой не знает никто. Живут в идеальной матрице - опять не то - ведь ее создали МАШИНЫ, надо все разрушить и чилить в руинах. Ну ок. Пускай так. Все выйдут с матрицы и узнают страшную тайну, что днк человека - это генетический код, который по мнению некоторых бородатых дядек тоже кем-то запрограммирован, как и Земля в целом. И опять двадцать пять. Реальный мир уже не кажется таким реальным. Настоящий реальный мир, где-то там в другом наслоении. Был даже один тип 2000 лет назад, который про это вещал. Настолько успешно, что до сих пор это фильмы снимают.