В Евангелионе через 14 лет после Второго удара по неизвестной причине Токио - 3 начинают атаковать титанические существа — Ангелы. Люди принимают эту напасть как данное, и только немногие знают, почему Ангелов так тянет в Японию. Главный герой — Синдзи отправляется в город по просьбе отца — руководителя организации Nerv, где тот ему сообщает, что жизнь человечества в его руках, только он и пара подростков могут сражаться с Ангелами.