Прототипирование механик идет после прототипа кор геймплея. Ведь главное в любой игре этот геймплей, неужели вам нужно тестировать системы когда у вас нет кора? Бессмысленно, все идет от общего к частному, подобно древу/ветвистой структуре. Геймплей это корень, когда есть корень можно идти к стволу а от ствола пускать ветки. 
Основа это краткосрочный геймплей + среднесрочный геймплей, они формируют кор в соотношении 80/20 в пользу краткосрочного геймплея. Долгосрочный геймплей - прохождение игры/крупного игрового отрезка, это и есть ствол.
Когда понятно как это играется на примитивном уровне и как это должно проходиться, куда идет движение и тд., тогда делайте ветки, это ваши системы.
Прототип это проба работы чего угодно, в данном случае прототип геймплея.