С виду большая часть того, что они предложили - либо косяки конкретной реализации в игре, либо решаемые механически проблемы, либо концептуальная проблема с тем, что игроки не любят читать.

Подсказки в инвентаре - это никак не относится к дереву диалогов и прекрасно работает в его рамках. После того, как ты узнал пароль у НПЦ - у тебя появляется ветка "назвать пароль на входе". Реализовано ли это через пункт диалога или отдельный инвентарь - не важно. Точно так же никто к дереву диалогов не мешает добавить пункт "попробовать взломать".
Точно так же можно работать и с интерактивностью - вот у тебя есть выбор, но если ты долго с ним тупишь - NPC начинать проявлять нетерпеливость, переключается, говорит "ты че тупишь" и уходит, или накинуться может. Есть и переменные, и карма, и ползунки влияния и куча других вариантов. И все они так или иначе описываются условным деревом.

А вот настоящая проблема - это то, что в случае реализации детальных возможных ответов и действий сложность растет экспоненциально.
А значит сильно растет количество текстов и стоимость производства. Катсцены в этом смысле не имеют преимущества их количество растет так же быстро. Да они лучше выглядят, но и дороже стоят. В этом смысле они часть того же дерева диалогов, просто вместо текста - набор синематиков.
И качественно управлять этой расползающейся сложностью очень тяжело.
Но если научаться это делать лучше - вполне возможно, что решение будет работать на тех же деревьях решений.