Периодически желательно чистить папку с игрой. BAT-ничек прилагаю ниже, его кладем рядышком с *.uproject. Запускать перед коммитом, естественно закрыв студию и движок. А зачем нужен батничек? То есть он как-то оптимизирует работу, или просто чтобы не добавлять в git лишние файлы? В последнем случае лучше использовать .gitignore .