Хотели стать ближе к работягам.

Мне интересно, почему Советники передвигались в бритвопоездах, как какие-нибудь третьесортные сталкеры, а не в комфортных шатлах как в эп1?Потому что временные промежутки разные?

Скорее всего для конспирации. Как ты мог заметить Аликс и Рассел были не в курсе кто это. Летали бы они на шаттлах быстро были бы замечены сопротивлением. Телепортация тоже отпадает, в те времена у Комбайн не было технологии местной телепортации.
Причина перевозки в Нова Проспект скорее всего получение информации у заключённых членов сопротивления, им достаточно было высосать мозг и они бы сразу всё узнали. Только вот тут есть несостыковочка. Если сопротивление не знало про Советников почему Рассел предположил в начале игры что у Илая высосут мозг...? 

Ну а хули. Чего бы самых уважаемых существ на земле не перевозить в одном поезде с зеками и рабами. Ещё и через какие-то ебеня, которые сторожат полтора комбайна.
Видимо с тех пор больше в плацкарте не ездят.