Получается, что более трех лет она жила в виртуальной реальности и горя не знала?

Скорее всего, да. Люди же там жили некоторое время, и маньяки себя показали не сразу. Другой вопрос, почему она не повзрослела за это время. Но тут нам на помощь приходит теория о том, что всё это — просто ещё один слой STEM. Тогда всё легко объясняется :)

как в "Мебиусе" вообще допустили проникновение Миры в STEM?

Мира же изнутри работала. Когда дочь похитили, она устроилась в «Мёбиус» и завоёвывала доверие компании.