Также пока не ясно, если это продолжение, то почему мы должны снова строить секретную злодейскую базу и покорять мир? В оригинале ведь мы его уже покорили.

Нет особой проблемы. Могут как сказать "победа не канон, в прошлой части мы проиграли" как в XCOM2, так и постфактум придумать что-нибудь вроде "противники собрались и отвоевали мир обратно. выжил только Максимиллиан, поэтому он доступен во второй части и получит какие-то связанные с боевым опытом перки"