Моральный выбор, когда от этого выбора меняется только строчка диалога или катсценка - это и не выбор вовсе. Ну это как визуальная новелла, ты жмакаешь на разные варианты просто чтобы посмотреть, что будет. В Масс Эффекте выбор спасти Совет или нет не имеет никаких геймплейных или сюжетных последствий, кроме вышеупомянутых строчки диалога и катсценки. Плюс я не считаю систему ренегад/парагон в МЕ обязательно моральной. Спасти пришельцев или спасти людей - конечно, можно это свести к теме ксенофобии, которой пронизана первая часть, но так же это вопрос военной тактики. Повысить шансы на победу, сохранив военные корабли, или поставить их под удар, спасая гражданских. Это не выбор добро/зло, это война, а на войне всегда кто-то погибает. Было бы круто, если бы он еще влиял на что-то, ну например на последнюю битву с Сареном. Например, спасая Совет, они бы присылали впоследствии какую-нибудь личную гвардию, которая помогала бы сдерживать гетов, пока ты дерешься с одержимым Сареном. А жертвуя Советом, ты бы получал поддержку флота, который станил бы Соверена, а то он прыгает как невменяемый в последней фазе. Да масса вариантов. И тогда бы у игрока действительно была бы мотивация пробовать в дальнейшем различные выборы, а не придерживаться условно доброго парагона. Кстати, полным парагоном проходил всего один раз, мне абсолютно не нравится он. Ренегад фо лайф.
Отходя конкретно от Масс Эффекта, дуальный выбор "добро/зло", а особенно присутствие системы в виде линейной шкалы - это полная херня. Например, в Которах (точно во втором, не помню насчет первого) за большое количество очков света/тьмы тебе давали нехилые бонусы, типа +4 к ловкости, бонусы к атаке и т.д. Это психологически давит на придерживание одной дороги на протяжении всего прохождения. Нет людей, которые всегда бы совершали только добро или только зло, и даже полный моральный урод способен на сострадание и эмпатию в некоторых случаях. Но тогда ты умышленно хэндикапишь своего персонажа и не раскрываешь всего потенциала. 
И то, какие опции считаются злыми, а какими добрыми, часто выглядят шизофренично. Алайнмент из ДнД, несмотря на все свои недостатки, в этом плане намного более гибкий и дает больше опций для отыгрыша. Плюс раньше он нес геймплейное значение, знаю, что зависимость классов от алайнмента многим не нравится, но у меня в НВН2 был абсолютно прекрасный геймплейно-отыгрышный момент, когда, играя монахом, я постоянным враньем и нарушением закона потерял свою законопослушность и не мог больше левел-апать монаха - по сути, мой персонаж потерял свой внутренний стержень дисциплины и не смог постичь более продвинутые формы монашеского обучения. Вот такое влияние выбора я одобряю, выбор, который не дает тебе сиюминутную награду/наказание, а постепенно меняет персонажа и мир вокруг, и то, как ты, как игрок, относишься к диалогам. 
Чет я не хотел простынку накатывать, но тема морального выбора больная, а текст получился весьма поверхностным.