Да че там понимать? Есть основная сюжетка Ксенанорта, и есть побочные истории отдельных миров, которые в большинстве своем замкнуты на себе. Основная история подается не в хронологическом порядке, с постоянными появлениями новых игроков, из-за чего создается ощущение хаоса. Но он пропадает, если просто расписать что за чем идет. 
Из фундаментальных проблем понимания есть только две. Ключ-мечи: что они такое и как выбирают владельца. И, внезапно, Kingdom Hearts - что это вообще такое и каковы его возможности. 
Поскольку никто никогда нормально это не объясняют, возникают все остальные проблемы. По слухам, следующая арка как раз будет про природу ключ-мечей. 

А вообще, я для себя выработал простой механизм зайдет вам Kingdom Hearts или нет. 
My little ponies. Если вам круто, то эта игра будет лучшим, что с вами случалось. Если вы испытываете боль, то лучше не начинать.