Наверное они думали так:
" О боже, они делают наш корабль в 3д движке. Разрешим? "
" А дальше что? Будут свои сериалы и фильмы по Стар Треку пилить? Ну уж нет! "

Звучит абсурдно, но другого объяснения высосать из пальца не смог..

Выгода практикантам, сидящим в юридическом отделе. Собственно это их задача - придираться ко всему, к чему можно придраться... И им плевать на контекст нарушения авторских прав - будь то пиратское распространение, обзоры на ютубе или фанфики.
В чём выгода? В данном случае ни в чём, кроме того, что кто-то получит премию. А вообще Стартрек - это франшиза. На ней деньги зарабатывают. И вот этот вот виртуальный музей вполне себе может увести некоторую часть аудитории от официальных продуктов. И не факт что официальная альтернатива когда-либо будет существовать. Юридический отдел это не волнует.
В общем это обычный бизнес-цинизм. Не более.