Согласен с автором по поводу претензий к механикам игры, и в целом по поводу построения игры, как метроидвании; но совсем не согласен с мнением, касаемо сюжета.
Если и говорить о сюжете, то нужно делать это комплексно, если необходимо, сравнивать сюжеты обоих частей. Приводить доводы, освобождать мысли, показывать свою точку зрения на то, как вы бы хотели видеть сюжет. По итогу, вы  задали больше вопросов самому себе и другим, не давая на них, не то что ответов, сколько своего конкретного мнения.
Насчёт убийства почти всех персонажей... Сразу всех вспомнить трудно, но я не припоминаю, чтобы Гумо и Нару как-то напрямую выводили из игры. Тоже самое касается и Ори.
  Вообще, слияние Ори с Сейром нельзя рассматривать, как смерть Ори или жертвоприношение; это было продолжение его жизни, просто не как духа, а как дерева( мы знаем из сюжета и лора первой части, что Ори уже является семячком Древа духов, и закончить историю самого Ори как-то по-другому было бы не логично), то есть смерти главного героя нет и не может быть, именно в форме духа. 
 Помню смерть Кволока, но к сожалению,  сценаристы не пытались его раскрыть, поэтому его смерть действительно никаких эмоций не вызывала. 
   Что касается других персонажей, я даже разобрать не смог, кого вы имели ввиду под чёрными квадратиками( С момента выхода игры прошёл почти год, поэтому вы имеете полное право спокойно говорить о сюжете, лишь за исключением ограничевшись надписью "ОСТОРОЖНО, СПОЙЛЕРЫ!". Это всё равно, что я буду обсуждать сюжет поэмы "Мёртвые души" и закрою имена всех героев квадратиками) 
  Смерть Ку действительно очень сильный сценарный ход, это не была вырезка персонажа из игры просто так,  это была проверка для Ори, для его дальнейшего раскрытия как личности( могли возникать вопросы "А сдастся ли он?", "Неужели смерть близкого друга переломает его?" Определённо, нет.У Ори сильная воля, он способен преодолевать даже такие шалости судьбы, как смерть близкого друга).
 На самом деле, Ку-казалось бы просто милая совушка-играет очень важную роль в сюжете игры: 
Во-первых, благодаря ей происходит, собственно говоря, завязка сюжета( Помним, что Ори починил ей сломанное крыло с помощью пера её матери. Затем они попадают в бурю, это перо отлетает и они падают) 
Во-вторых, как я уже сказал, Ку является важным персонажем для раскрытия Ори. 
В-третьих, между Ку и Крик видно явное сопоставление, просто Ку посчастливилось попасть в нормальную семью, а Крик росла совершенно одна, не зная ни тепла, ни ласки. 
  Ну и конечно же смерть Крик и вообще её сюжетная линия. Почему вы так бедно и поверхностно смотрите на её сюжетную линию? История "Почему она стала такой?" не ограничивается только тем, что "вот, у неё детство было плохое" и не только тем, что "у неё было трудное детство". Это не просто обида. Это печальная история отвержения от нормального общества, тяжёлая судьба без единого опекуна. И это набрало такие масштабы, что она решила стать такой, какой она показана будучи взрослой. Как видите, причина гораздо глубже, чем кажется. 
Про её смерть.... Да, её должны были убить. А почему? Да потому, что выбора ни у неё, ни у других не было- оставили бы её в живых- она бы причиняла вред другим и сама бы всё равно не нашла приюта. Здесь нельзя было поступить иначе, и её история бы спокойно могла закончиться ещё на том моменте, когда Сейр чуть её не убил( тогда Ори не позволил ему это сделать, но скорее из-за милосердия, ведь он добрый малый).Поступки, которые она совершает трудно расценивать, как зло, ведь она совершает их не обдуманно, будучи совершенно потерянной. Некоторые говорили, что Крик должна была получить искупление. Но ведь это просто смешно. 
 Да, претензии к сюжету у меня есть, но они связаны с раскрытием побочных персонажей и лора в целом. Так, совсем не понятно, почему Ива не позаботилась о другом духе для слияния, если прекрасно знала, что упадок может произойти. Говорили, что духи Нивена куда-то ушли, но куда? Вообще ноль информации, также, как и про упадок.
 Могу что-то написать не так, потому, что я сейчас должен спать. Но всё равно спасибо автору за статью!