Встречаем мы бессменного протагониста серии Айзека Кларка явно не в лучшей форме. Пережив два ужасных кошмара, смирившись со смертью одной любимой и расставанием с другой, Айзек тихо коротает свои дни в маленькой каморке на лунной станции «Новый Горизонт». Но спокойная жизнь Айзека продолжалась недолго. В его каморку врываются два спецназовца EarthGov: Капитан Роберт Нортон и сержант Джон Карвер и сообщают о том, что он вновь должен спасти человечество от угрозы Обелисков.