Итак, всё начинается с убийства президента Соединённых Штатов, и нет, убили не Эйба Линкольна, не Джеймса Гарфилда, не Уильяма Мак-Кинли и даже не Джона Кеннеди, хотя создатели XIII вдохновлялись явно покушением на последнего… В общем, жертвой стал вымышленный политик по имени Уильям Шеридан и, как это было с беднягой Джонни, дело оказалось крайне мутным и запутанным. Ключом к понимаю ситуации являлся Джейсон Флай, наш главный герой, который, как и в первоисточнике, лишился памяти и очнулся в незнакомом месте. Морские волны выбрасывают его на берег Брайтон Бич, где Флая приводит в чувство Кейси Паркер из «Спасателей Малибу» и отводит в свой номер. Однако, не успела она раздеться и выжать свои мокрые плавки, как на домик нападают неизвестные. Изрешечённое пулями тело девушки опадает на пол, в герое вскипает ярость, и он вступает в бой. После десятков убитых противников и встречи со знакомыми лицами кусочки пазла потихоньку начинают сходиться, а 13-й наконец начинает что-то вспоминать: убийство президента, в котором был обвинён Джейсон, тайное общество Двадцати, куда его пытались внедрить, зловещий заговор, операция "Тотальная Краснота" и всё прочее.