Сюжетный режим поделен между шестью персонажами: Синдзи, Рей, Аской, Каору, Тодзи и Кенске. Особого внимания заслуживает, правда, лишь последняя троица, поскольку их истории сильнее всего отличаются от сериала. Каору SEELE даёт в распоряжение собственный Евангелион и поручает убить остальных пилотов. Стоит ли говорить, что со своей задачей тот удачно справляется? Таинственная организация нанимает и так сильно желавшего оказаться на месте пилота Кенске. История его и Тодзи заканчивается битвой двух друзей. Примечательно, что Кенске даже не подозревает, кто сидит в кабине Евы-03, а потому, в случае победы, без сомнений убивает своего приятеля.