Ну в начале игры всё довольно понятно же: Гносия - это некая бестелесная сущность, которая "заражает" людей и заставляет их убивать других людей, притворяясь при этом человеком. Мы попали на некий корабль, зараженный Гносия, но при этом вместе с тем мы попали во временную аномалию, или "петлю", которая заставляет нас раз из раза повторять действия после заражения корабля и до полного исхода. Единственные, кто знает о том, что мы в петле (или по крайней мере говорят, что знают) - это мы и Сетсу. Остальные либо не в курсе, либо просто не рассказывают о том, что в курсе.
А наша задача - не победить Гносию (это бесполезно, цикл всё равно повторится), а собрать всю возможную информацию о каждом персонаже в игре. После этого нас "отпустит". Почему образовалась эта петля, и что будет, когда она разорвётся - я говорить не буду, это спойлеры.