ASUS Prime Z790-P имеет три M.2. Все они работают по интерфейсу PCIe 4.0 x4, а нижний дополнительно поддерживает SSD с интерфейсом SATA. Верхний и нижний слоты поддерживают длинные накопители с форм-фактором 22110. Накопители в разъемах фиксируются по старинке – винтом. Штатный радиатор для M.2 у платы только один, но его можно установить как на верхний, так и на нижний разъем. Сам радиатор представляет собой плоскую алюминиевую пластину толщиной около 2,5 мм с термопрокладкой Laird.