У тебя медная пластина забирает тепло с чипа и передаёт воде, которая циркулирует по замкнутому контуру. С одной стороны у контура водоблок (та часть, которая к процу крепится), а на противополождной — радиатор с вентиляторами, который охлаждает проходящую через него воду. То есть тёплая вода от проца уходит, а холодная поступает, таким образом у тебя всё охлаждается.

Вода имеет большую теплоёмкость, чем пар в теплотрубках обычного кулера, поэтому охлаждение с (нормальным контуром) получается более эффективным, а так как радиатор может быть намного больше по площади, чем башенный кулер (на два или даже три вентилятора), то частота вращения лопастей может быть ниже, поэтому шум ниже. 

Это если коротко

в дополнение к никитеному комменту - 

вода имеет просто бешеную теплоемкость, и столь же бешеную теплопередачу. так что охлаждать струей холодной воды - один из лучших относительно бюджетных способов охлаждения в мире. 

сунь одну руку в ледяную воду а вторую в леденой воздух и сравни ощущения. сразу становится понятно насколько неэффективно воздушное охлаждение.