{"id":2727,"title":"\u041a\u0430\u043a \u0433\u0435\u0439\u043c\u0434\u0438\u0437\u0430\u0439\u043d\u0435\u0440\u044b \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u044e\u0442 \u043e\u0431\u043b\u0430\u0447\u043d\u044b\u0435 \u0442\u0435\u0445\u043d\u043e\u043b\u043e\u0433\u0438\u0438","url":"\/redirect?component=advertising&id=2727&url=https:\/\/dtf.ru\/promo\/1011062-kak-oblaka-pomogayut-pri-razrabotke-igr&placeBit=1&hash=52c7ee26bed9727bfaf58b8826bf8b9c165b82ea4244c03867ca7437280928e7","isPaidAndBannersEnabled":false}
Жизнь
Yuriy Svidinenko

Как я помог исследователям увидеть тот самый коронавирус

Та самая модель SARS-Cov-2 Юрий Свидиненко

Так получилось, что моя основная деятельность сейчас – создание и анимирование 3D моделей в биотехе, фармацевтике и медицине. И за прошлый год у меня был ряд интересных проектов, связанных с печально известным SARS-CoV-2 или, проще – коронавирусом.

Итак, больше года назад я познакомился с одним стартапом из Y-Combinator и вместе с учеными из института Скриппса в Сан-Диего мы собрали первую приблизительную более-менее точную 3D модель коронавируса. Его, как раз, вы можете увидеть на заглавной картинке.

Мы восстановили точную структуру спайк-белков, полностью смоделировали их количество, размеры, сайты гликолиза (если кому интересно). Оставили более поверхностно проработанные мембрану и белки поверхности.

Мы обработали много фоток со сканирующего электронного микроскопа для того, чтобы определиться с формой вируса, количеством белков, их расположением, потому что корона - не самый симметричный и правильный вирус, как, например, вирус герпеса. Также работали с публикациями тех самых ученых из Уханя, которые его первыми описали.

Все эти данные мы перегнали в 3D в виде полигонов и точек и потом собрали в Cinema4D. Потом с помощью Redshift 3D + AE визуализировали сразу в виде анимации механизма действия – как вирус проникает в клетку, и в виде иллюстраций.

Было это в феврале 2020 года, перед началом локдауна. После этого достаточно много стартапов и ученых использовали эту модель как в видео, так и в презентациях. И благодаря таким детальным видео инвесторы смогли дать бюджеты нескольким стартапам, которые сделали ряд продуктов по борьбе с коронавирусом. Сейчас эти лекарства в активной разработке. Сред них – ингалятор, который на ранней стадии заболевания может снизить содержание вируса в носоглотке на 95%!

Получил неделю назад печатную версию и очень рад!

И вот сейчас уже хочу похвастаться - через год вышел печатный альманах ассоциации медицинских иллюстраторов AMI – каталог мировых достижений в области медицинских визуализаций, и там мою модель и ее представление выбрали как одну из достоверных для трибьют-секции по обзору работ с коронавирусом. Этот журнал - такой печатный аналог Nature в моей индустрии.

Работа с ним еще не закончена, сейчас мы работаем над визуализацией модифицированного вируса и ряда РНК-вакцин, которые будут с ним бороться.

Ну и, конечно, буду рад ответить на вопросы по технической части (по 3D или по биологии), если у кого-то они есть!

0
184 комментария
Популярные
По порядку
Написать комментарий...
Yuriy Svidinenko

Спасибо большое всем за комментарии!

Я постараюсь написать еще пост о том, как пришел в визуализацию - там было много интересных судьбоносных поворотов, которые я сначала и не мог осознать толком.

И вот для тех, кто хотел покрутить модель - проект в C4D самого вируса: https://www.dropbox.com/s/duerj2s93pa8yi3/C4D_SARS_CoV_19.zip?dl=0

Ответить
Развернуть ветку
Александр Подгорный
Ответить
306
Развернуть ветку
I forgot password again

Огонь! Интересная штука, о которой я раньше и не задумывался "а откуда, собственно, берутся изображения вирусов" стала чуть более понятна)

Очень круто!

Ответить
113
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Спасибо!

Ответить
48
Развернуть ветку
revolver ocelot

Юрий, а на чем рендерили - на видеокарте или процессоре?
Интересно какое железо требуется для такого проекта.

Ответить
0
Развернуть ветку
AndrT

Не из блендера. Гугли электронный микроскоп

Ответить
2
Развернуть ветку
Маленький бокал

Судя по статье именно что из блендера.

Ответить
4
Развернуть ветку
ShizZ

изображения разные бывают. разноцветные и подробные - естественно рендерятся.

что не отменяет фотографии с электронного микроскопа

Ответить
0
Развернуть ветку
Zero Itsed

Очевидно не отменяет, ведь даже автор пишет, что они обрабатывали изображения с электронного микроскопа)

Ответить
0
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

И вот одно из этих изображений, кстати!

Ответить
21
Развернуть ветку
RedApple

Ого, а можно узнать, какого приблизительно размера вирус?

Ответить
2
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Он кстати не маленький - от 60 до 140 нанометров. То есть по его диаметру можно расположить от 4 до 10 транзисторов Intel по 14-нанометровому техпроцессу.

Ответить
26
Развернуть ветку
Alexander

Ну да, у китайцев техпроцесс отстает :)

Ответить
23
Развернуть ветку
Boruh Zackelberger

Ну слили пререлизную версию вроде.. Или нет?

Ответить
0
Развернуть ветку
Arekanderu

по его диаметру можно расположить от 4 до 10 транзисторов Intel по 14-нанометровому техпроцессу
Чипированию быть!

Ответить
0
Развернуть ветку
Донкий ХОД

А более детальных фотографий с ЭМ нет, это максимум разрешения?

Ответить
0
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Более детальные только с кристаллографии. И то по частям.

Сюрприз, но у электронов тоже есть длина волны! А вот у рентгеновского излучения она намного меньше, поэтому им хорошо изучать белки, молекулы, все маленькое. А STM дает представление как это все собрано вместе.

Ответить
5
Развернуть ветку
Донкий ХОД

Да я это прекрасно понимаю, собсно поэтому и спрашиваю - предел или нет. Потому что то в новостях пишут, что чуть ли не фото отдельных атомов в решетке получили, а тут вирус качественно снять не могут. Вообще есть более детальные фото этой дряни, неважно чем сделанные?

Ответить
0
Развернуть ветку
Dimasik

Какая маленькая залупа, но такая вредная при этом...

Ответить
1
Развернуть ветку
Boruh Zackelberger

Скорей всего и это созданное программным обеспечением микроскопа изображение (convolution filtering, преобразования Фурье итд). Сырые данные с датчика выглядят немножко стремнее.

Ответить
1
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Мы обрабатывали в разрезе морфологии - то есть размеров, соотношения спайк белок-мембрана вируса, количества спайк белков на одну единицу, размер и вид капсида вируса.

Ответить
5
Развернуть ветку
Ефим Тунев

Ничего не понятно, но ОЧЕНЬ интересно.

Ответить
6
Развернуть ветку
I Need Potato

Может из Cinema4D?

Ответить
1
Развернуть ветку
Texlama

Сразу видно dude не читал, сразу перешёл в комментарии)

Ответить
1
Развернуть ветку
Эмиель Регис

А мог бы в игры играть, или там киберспортсменом стать, или на площадку выйти и стать олимпийским чемпионом. Эх, Юрий, жизнь на такую фигню положили!

Шучу, естественно. Красавелльный красавец, так держать! В смысле: успехов в любых начинаниях, продолжаниях и заканчиваниях. Умные и талантливые люди должны спасать этот мир — ну, чтоб хоть кто-нибудь.

Ответить
56
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Да уж, чемпионом по плаванию я не стал, просто КМС =) и в диаблу 2 играю тоже как любитель, так что приходится работать с тем, что получается лучше всего.

Ответить
42
Развернуть ветку
Semen malovik

Это очень круто, когда находишь свой путь! Желаю дальнейших успехов!

Ответить
11
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Спасибо!

Ответить
7
Развернуть ветку
Борис Губанов

А откуда берется цвет, в данном случае, коронавируса? Берется из головы?

Ответить
10
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

В большинстве случаев, конечно, из головы. На таком уровне нет самого понятия цвет, так как это конструкт головного мозга, базирующийся на взаимодействии фотонов разной энергии с клетками сетчатки. То есть что-то в принципе искусственное.

Мы стараемся подбирать цвета так, чтобы было ощущение погружения в микромир и параллели с нашим миром. Например, хлоропласты в растительных клетках почти всегда зеленые, это связано с их спектром поглощения.

Но в целом там, где атомы - есть только спектры испускания и поглощения, а не цвета.

Ответить
96
Развернуть ветку
splinefx

А как строится изображение в электронном микроскопе в данном случае? Просто воссоздается какая-то структура, без цветов и прочего?

Ответить
16
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Это хороший вопрос! Вкратце на сканирующем туннельном микроскопе все опыляют атомами серебра, они хорошо проводят электричество. Потом двигают кончик микроскопа по площади всего образца и снимают ток туннелирования - по нему виден ландшафт образца. И в зависимости от тока можно понять, с каким материалом имеешь дело.

Можно подробнее почитать - в интернете много чего есть про микроскопию, и все интересное.

Например, сейчас передовая криотом-микроскопия. Вот она реально крутая!

Ответить
75
Развернуть ветку
Facenapalm

Мне всегда казалось, что при определённом приближении изображение становится чёрно-белым.

Ответить
2
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Да, плюс еще хроматическая аберрация, это если смотреть в оптический микроскоп. Вообще все цвета препаратов - от окрашивания, чтобы отделить части препарата друг от друга.

Ответить
4
Развернуть ветку
Mark Grey

https://www.youtube.com/watch?v=qSHK7NIk8h4&ab_channel=Droider.Ru

Тут доступно объясняют принцип работы микроскопа

Ответить
1
Развернуть ветку
Tom Veidt

"так как это конструкт головного мозга, базирующийся на взаимодействии фотонов разной энергии с клетками сетчатки" с какой-то стороны да, но с другой мы уже давно вычислили все длины волн для цветов и можно не видя что-то но зная длину волны отражения сказать какого оно цвета и глаза тут не нужны вообще. Собственно так комические фото и раскрашивают по данным с радиотелескопов. Тут так не прокатит что-ли? Или диапазон цветов у разных соединений углерода в организме очень узкий и получится одноцветное фото?

Ответить
1
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Ну вот я уже писал, что все атомы разные и спектры разные, мы просто можем принять, например, по спектру рассеивания, что вода будет бело-голубая, а гемоглобин - красный. И так примерно выводится палитра всех цветов.

Плюс еще есть исторически сложившаяся палитра у медиков, которую уже менять бесполезно.

Ответить
7
Развернуть ветку
Bill Bill

Это зависит от того, какого цвета рентгеновские лучи. Цвета боли, я полагаю.

Ответить
2
Развернуть ветку
Demian

Это что, в фильме "Осмосис Джонс" соврали получается?

Ответить
0
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Да!

Ответить
0
Развернуть ветку
Отвали Лягуха

Рад за тебя :) Молодец!

Потом с помощью Redshift 3D + AE визуализировали сразу в виде анимации механизма действия – как вирус проникает в клетку, и в виде иллюстраций.

А где анимацию можно посмотреть?

Ответить
9
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko
Ответить
70
Развернуть ветку
Отвали Лягуха

Спасибо! Надо было сразу в новость добавить, многим было бы интересно посмотреть)

Ответить
22
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Да, что-то я об этом не подумал - спонтанно написал пост, думал мало кому будет интересно.

Ответить
5
Развернуть ветку
Sir Vellovich

Да ну как же "мало кому будет интересно". Я как раз, когда в посте прочитал про анимацию, думал о, ну щас гляну в конце, а там нема :(
Сколько нам про это говорят из каждого утюга, что де вирус, он опасный, легко проникает. А вот увидеть этот процесс своими глазами - другое дело.

Ответить
0
Развернуть ветку
Виктор Омай

криповая музыка

Ответить
1
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Под стать главному герою =)

Ответить
2
Развернуть ветку
Devil Bug

Напомнило тайную жизнь клетки, очень красиво

Ответить
1
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Да, мы во многом ими вдохновляемся в работах, кстати тоже знаком с XVIVO лично.

Ответить
1
Развернуть ветку
Maxim Gursky

Потрясающе!

Ответить
0
Развернуть ветку
by. eura

Очень даже впечатляет

Ответить
0
Развернуть ветку
Ivan S.

Вижу огромная работа проделана, спасибо! Что заметил что камеру нужно успокоить и ease in out на ключевые кадры... Чересчур дёргается и не естественно не плавно двигается. Как будто студент делал впервые освоив 3д анимацию.

Остальное всё прекрасно. Благодарю!

Ответить
0
Развернуть ветку
Маленький бокал

Автор молодец и красавчик.
Оч круто видеть результаты своих работ.

Вопрос: есть всякие разные штаммы и тд. У них есть различия "во внешности"? Или чисто прошивка.

Ответить
16
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Если один вид вируса - то разница в белках может быть. Так, например, вариант дельта от обычного отличается. В сканирующий микроскоп разницу не увидишь, а вот рентгеноструктурный анализ покажет небольшую разницу в белках. Ну и внутрення РНК, естественно, чуть отличается.

Ответить
31
Развернуть ветку
Kairo

Было бы очень интересно увидеть пост о том как автор пришёл в биотехнологии. Интересная же сфера)

Ответить
9
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Это долгая история, конечно. Если интересно, то думаю через неделю смогу написать. Сначала был инженером по электроприводу и работал на доменных печах. Потом - по сантехнике и отоплению, сейчас - по визуализации биотеха и медицины, и осваиваю computer vision + data science для будущего стартапа.

Ответить
47
Развернуть ветку
Alexander Sol.

Будет очень интересно прочитать, подпишусь)

осваиваю computer vision + data science
А на какой платформе осваиваешь? Программирование ещё с предыдущей занятости помогло, или с нуля учить пришлось?

Ответить
1
Развернуть ветку
Sir Vellovich

Да-да! Напишите, пожалуйста. Вообще, впечатляюще извилистый путь к CG биотеху )

Ответить
0
Развернуть ветку
Иван Куренский

Пишите всенепременно!

Ответить
0
Развернуть ветку
Mikhail Voloschuk

Пришел домой - сидит. Не знаю кто это, но по глазам вижу - рад мне...

Ответить
10
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Это наши знакомые коллеги индусы нарисовали =) Индустрия маленькая, мы все друг друга знаем.

Ответить
19
Развернуть ветку
Станислав Петров

Красивое

Ответить
5
Развернуть ветку
Аркадий Акакиевич

- Вы вирусы уничтожаете?
- Нет, только показываем

Ответить
23
Развернуть ветку
Bigtiger

Поздравляю.
А по остальному - есть ли малейшие признаки, что компанию Холмс задушили республиканские фармацевтические гиганты ?

Ответить
4
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Theranos? Они мошенники, я об этом знал еще пару лет назад. У них даже прототипа рабочего не было.

Ответить
19
Развернуть ветку
Bigtiger

Каррейру я тоже читал. Но всё выглядит просто невероятно.

Ответить
5
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

У нас много знакомых, у которых реально все круто, но надо быть PhD чтобы это понять. Обычно то, что круто для широкой аудитории, нереально или уже было сделано 50 лет назад.

Ответить
8
Развернуть ветку
Bigtiger

Невероятно - в смысле обмана. И масштаба личностей инвесторов.

Ответить
4
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Они там очень сильно подделывали результаты на старте. Прямо фальсифицировали на старте, думали сделаем по стратегии fake it until make it, но сделать как обещали у низ не вышло.

Как бы тут в США такой менталитет, что тебе будут первый раз верить, не будут сомневаться.

Инвесторы и подумали, что у них действительно крутая технология, не думали, что можно так нагло врать.

Обычно в научном сообществе если ты что-то говоришь, то тебе верят, потому что не принято обманывать.

Ответить
19
Развернуть ветку
Владислав Коваленко

Ну все же странно, что не проверили. Обманывать может и не хотят, но могут ошибаться в расчетах. На доверии немного странно в таких сферах что-то выстраивать. Тут же не просто деньги, а еще и жизни людей. То есть если инвестируешь в фейк, то другой проект, который мог спасти много жизней отваливается автоматом.

Ответить
0
Развернуть ветку
Антон Недоцуков

Индустрия стартапов так и работает - инвестируют в компанию, у которой пачка рисунков на салфетке и питч на 10 минут, пока не перехватили инвестиционные конкуренты. Выстрелит - хорошо, не выстрелит - в утиль и отыграться на другом стартапе.

Ну а дальше, как и сказали выше, у джентльменов принято верить на слово.
И верить могут в очень больших количествах:

Ответить
4
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Ну ошибиться в расчетах это одно, главное что ты веришь в идею и хочешь добиться результата. А в процессе работы может даже идея стартапа поменяться, может быть слияние с другой компанией, главное работать.

В случае с Theranos идея была одна - собрать побольше денег и уйти в закат.

Ответить
2
Развернуть ветку
Jhon Dou

Как в анекдоте , вот тут мне карта и пошла. :)

Ответить
0
Развернуть ветку
Andriy Shkrobut

Юрий, а можно по-подробнее про PhD. Имелось ввиду что именно в этой сфере нужно быть PhD, или в целом чтоб крутые штуки понимать и делать? Просто интересен взгляд на образование.

Ответить
1
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Просто специфика информации настолько сложная, что можно не понять сразу о чем речь вообще. Надо хорошо ориентироваться как в биологии, так и в клинической медицине, чтобы понимать насколько важное нововведение предлагает очередной стартап.

Например работу и полезность того же CRISPR до сих пор многие не понимают несмотря на его популяризацию.

Можно прочитать заголовок в стиле "Ученые победили рак" и там будет полная ахинея, а можно прочитать "Ученые смогли превращать сенильные клетки в плюрипотентные" и это будет переворот в медицине.

Ответить
3
Развернуть ветку
Mr Hyde

Плюрипи..., плюрипор..., плюрипиро..., ..., ..., плюри-по-тент-ные! Лишь с 10-й попытки смог я правильно произнести!

Ответить
–1
Развернуть ветку
Антон Недоцуков

А что невероятного? Как будто мало было в мировой истории умельцев рассказывать, что у них есть нечто и собирать на это капусту.
Сходу вспоминается Виктор Люстиг, умудрившийся "продать" Эйфелеву башню (дважды), вот где больше подходит определение невероятно.

Ответить
9
Развернуть ветку
Михаил Мезенцев

В Малину не поздно инвестировать?

Ответить
0
Развернуть ветку
Тимур Есенбаев

Это которые из китайского робота-поклейщика собрали "прототип" анализатора крови? :D "джобсы" от мира биотеха

Ответить
0
Развернуть ветку
Духовный спрей

Комментарий удален по просьбе пользователя

Ответить
8
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Спасибо!

Ответить
5
Развернуть ветку
Маленький бокал

Белок на видео такой марионетка! Неужели он даже не пытается сопротивляться? Не могу поверить, что мой организм вот так просто разложил белок тут и там и даже не поставил охрану вокруг него, это ж кто угодно может прийти, изваляться в нем и убить меня?

Ответить
5
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Вот тут сопротивляется - антитело блокирует вирус:

Ответить
9
Развернуть ветку
DDD
Ответить
6
Развернуть ветку
Маленький бокал

Антитело такое маленькое, но красивое ♡
Замечательный проект вы создали, наглядно показывает как все устроено, очень интересно и полезно, спасибо)

Ответить
4
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Спасибо!

Ответить
2
Развернуть ветку
ShizZ

там столько охраноидов вокруг плавает, на всякое непонятное резко агрящихсятся - что все в целом норм, иначе мы бы не жили ,))

и кстати да - мрет народ не от короны а от специфического имунного ответа, который иногда оказывается неадекватным и черезмерным.

Ответить
7
Развернуть ветку
Маленький бокал

Цитокиновый шторм? Бывает, да, но умирают в основном все-таки от пневмонии - легких просто не остается.

Ответить
2
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Да там все поражается, и как бонус от высокого жара начинается фибороз клапанов сердца или артрит в будущем. К сожалению заболевание очень для людей нехарактерное, поэтому столько побочек и долгое восстановление.

Ответить
3
Развернуть ветку
Boruh Zackelberger

там сбалансированная комбинация многих факторов:

1) атипичность пневмонии не позволяет выявить симптомы на ранних стадиях,

2) поражения легких рубцуются, альвеолы уничтожаются, ткань выводится из процесса насыщения крови кислородом,

3) цитокиновый шторм, как контрольный выстрел в тяжелых случаях;

Нейротоксическое поражение (неадекватная самооценка и поведение в тяжелых стадиях, депрессия после снижения вирусной нагрузки, потери нюха и вкуса) как вишенка на торте. В скобочках перечислены только выявленные эффекты, а какие там поражения в долгосрочной перспективе - хз.

Ответить
2
Развернуть ветку
Gorynych

Образ напомнил это. Кто-то в нашем теле играет в Дум. :)

Ответить
7
Развернуть ветку
Маленький бокал

—> pikabu.ru

Ответить
–49
Развернуть ветку
Alexander Shimanskiy
Ответить
10
Развернуть ветку
Бумажный Теоретик

Определенно апвоут. Красивая работа!

Ответить
5
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Спасибо!

Ответить
3
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Спасибо огромное всем за комментарии и поддержку!

Честно говоря, не ожидал такого обсуждения, но рад рассказать больше о своей работе!

Я постараюсь всем и завтра ответить, так как у меня сейчас уже ночь.

Ответить
5
Развернуть ветку
Alex Pushilin

там наверху уже писали, но я присоединюсь - было бы очень интересно узнать как приходят в такую профессию

Ответить
1
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Да, сделаю пост в течении пары недель, как с проектами разгребусь!

Ответить
0
Развернуть ветку
MegaGazon

Мне вот что интересно. А как узнаётся сама "толщина" клетки вируса. Ну тип, размер. Ведь они же не все одинаковых размеров. Одни больше, другие меньше? Это определяется под микроскопом или нет?

Ответить
0
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Да, все данные такого рода получают от данных микроскопии. Там видна не только первичная структура, но и размер относительно клеточной мембраны. И да, все вирусы разного размера.

Более точно их структуру узнают методами рентгеновской кристаллографии.

Ответить
15
Развернуть ветку
vitaliy

А есть "фото" с самого микроскопа? Хотелось бы посмотреть с чего всё начинается

Ответить
0
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Один из вариантов вот такой

Ответить
0
Развернуть ветку
vitaliy

Не, я имел ввиду изображения на основе которых моделька сделана)

Ответить
0
Развернуть ветку
Romanoss

Звучит так будто бы ты работаешь в амбрелле и разработал логотип для вируса 🤔

Ответить
3
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Это все протомолекула шалит!

Ответить
4
Развернуть ветку
s23ver

Хм.. боюсь спросить.. Какой вирус твой любимый..?? Я про 3D модель конечно-же..))

Ответить
2
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Наверное это герпесвирус. Он наиболее математичный, симметричный и, наверное, первый, который я смоделировал и нарисовал.

Ответить
5
Развернуть ветку
Алексей Разумовский

Что такое сайты гликолиза и спайк-белки, в кратце

Ответить
0
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Спайк-белки это шипы короны, благодаря которым и назвали сам вирус. На картинке они розово-красного цвета, торчат во все стороны.

Сайты гликолиза - такие активные участки на поверхности этих шипов, благодаря которым они связываются с рецепторами на клетке или же с блокирующими их антителами.

Ответить
8
Развернуть ветку
AndrT

А что внутри коронавируса? Этой сферы

Ответить
0
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Там очень плотно запакован его код - молекула РНК.

Ответить
13
Развернуть ветку
Сердечный Илья

Комментарий удален по просьбе пользователя

Ответить
3
Развернуть ветку
Jakhner Review

Ну если из биологии, то почему не принято говорить о том, что основная проблема от короны это не пневмония, а ее особенность в рубцевании ткани, в разных частях тела, а следствии чего у людей падают когнетивные способности, потеря обоняния так же связанна с поражением соответствующего отдела мозга,ещё год назад когда поставлял сизы в отделение реанимации, реаниматолог и психиатр больницы подтвердили, что пневмония это хоть более детальное последствие но не самое страшное, так как прогнозы по долгосрочным последствиям невозможно дать.
Так же интересно почему не любят форсить тему что среди курильщиков и астматиков очень низкий процент заболевших, есть какое то понимание механизма ?

Ответить
2
Развернуть ветку
Roman Rzaev

Так же интересно почему не любят форсить тему что среди курильщиков и астматиков очень низкий процент заболевших, есть какое то понимание механизма ?
а статистика есть?
Не, я не из вредности спрашиваю.

Ответить
1
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Да, в этом есть рациональное звено. Дело в том, что если на поверхности клетки нет ACE2 рецепторов, то вирусу не будет за что зацепиться. У курильщиков их очень мало, поэтому у них вирус меньше размножается.

Это пока малопроверенные данные, но они есть. И да, это не пропаганда курения =)

Ответить
8
Развернуть ветку
Jakhner Review

Или астмы )

Ответить
0
Развернуть ветку
Jakhner Review

Ну как я сказал со слов реаниматологов до декабря 2020 года в СПб из их больницы летальных случаев среди курильщиков было меньше 5 по его словам, из всех врачей в больницы не заболели только опять же курильщики со стажем, астматики вообще не попадали к ним был, но естественно в 1 больнице не самая релевантая выборка, при появлении вируса так же была статистика из КНР о низком колличестве заболевших среди курильщиков, потом в еврозоне появились данные, и вдруг эта тема стала табу, так же как и огласка осложнений помимо пневмонии.
А учитывая что курильщиков только признающих себя такими больше 1.2 млрд людей, странно видеть среди них процент смертности ниже 30% от общего количества.
Да и по своим знакомым, слава что мертвых нет, но заболели в основном некурящие

Ответить
6
Развернуть ветку
RusUpdate

Любопытная инфа

Ответить
1
Развернуть ветку
Basil Titovchenko

Почему тема стала табу, понятно — ведь это идёт вразрез с антитабачной пропагандой. Свежих данных действительно не найти, а старые материалы в основном неловкие попытки не уклониться от генеральной линии о том, что курить — вредно. Курить действительно вредно, спорить глупо, но у любой палки есть два конца...

Ответить
0
Развернуть ветку
AndrT

"Сред них – ингалятор, который на ранней стадии заболевания может снизить содержание вируса в носоглотке на 95%!" - ага, местамидин называется, и ему уже 100 лет в обед

Ответить
2
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Да, очень похожий механизм действия, только активный агент у них другой.

Ответить
3
Развернуть ветку
AndrT

И на ipo с местамидином не выйдешь, а со стартапом запросто! Инвестор - не мамонт, как говорится.

Ответить
1
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Более того, скорее он до сих пор запатентован и кому-то принадлежит. Так что стартапы позиционируют себя как что-то новое, несмотря на то, что есть и старые аналоги.

Но, возможно, у нового ингалятора будет выше клиническая эффективность.

Ответить
1
Развернуть ветку
AndrT

Да чушь это всё, надо вырабатывать коллективный иммунитет, а не ингаляторы скупать. "Спрятаться" или отгородиться всякими антисептиками от вируса это плохая идея.

Ответить
–1
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Скорее всего, что коллективный иммунитет к этому вирусу не удастся выработать даже через сто лет. Так что поможет только вакцинация, ежегодная ревакцинация и лечение при первых симптомах такими антисептиками или же молнупиравиром.

Ответить
1
Развернуть ветку
Evil Spirit

Недавно статья вышла о том, что эффективность ревакцинации сомнительна 🤔

Ответить
0
Развернуть ветку
Alexander Benkendorf

Подскажите а где подробнее про местами дин и ковид почитать?
И как на практике это работает.
(особенно про то когда ранняя стадия, ведь это фиг поймёшь)

Ответить
1
Развернуть ветку
Easy Rider

На практике подобная визуализация как-то помогает в исследовании? Или подобное нужно для общего понимания?

Ответить
1
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Да, очень помогает для понимания метаболических путей и трехмерной структуры. Особенно помогает для разговора с инвесторами, если это надо. Им непонятна молекулярная биология.

Ответить
6
Развернуть ветку
2BrokerZIP

В зависимости от трехмерной структуры меняется биохимическая активность компонентов вириона. Так что да, визуализация определенно помогает в разработке лекарственных средств

Ответить
1
Развернуть ветку
Иван Иванов

теперь с вирусом спида тоже самое нужно сделать, до сих пор никто его не видел (специально для тупых - это шутка)

Ответить
1
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Австралию тоже мало кто видел ;)

Кстати мой коллега нарисовал охренительный вирус спида, правда абсолютно некорректный, зато очень эмоциональный.

Ответить
6
Развернуть ветку
Макс Фомин

Ты сделал наш мир чуточку лучше. Спасибо!

Ответить
2
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Спасибо, в планах есть сделать еще лучше =)

Ответить
0
Развернуть ветку
Максим Ghostb

Очень приятно видеть успехи коллеги, пускай и из другой области применения 3D искусства. Молодца!

Ответить
2
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Спасибо, коллега!

Ответить
0
Развернуть ветку
Миша Лоев

Здорово!

Еще вот оставлю здесь ссылку на другую работу (не в смысле сравнения) по моделированию

Анимация: https://visual-science.com/ru/projects/sars-cov-2/animation/

(ну, там и картинки есть, если что)

Ответить
2
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

О да! Это отличный пример по его структуре - тут все честно, даже внутренняя упаковка и липидная структура! Тоже коллеги по цеху делали, молодцы!

Ответить
0
Развернуть ветку
TeslaCoil

Копец. И эта штуковина наделала себе друзяшек и устраивала в моем теле патихард пару недель назад.
Сейчас, наверное, тупой вопрос будет.
Это на помятую сферу цепляется какой-нибудь Hair с шариками и «коронами-палочками», которые и образуют в итоге поверхность? Или что-то более сложное?

Ответить
1
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Там модель составная - поверхность вируса это геометрия из X-Particles, белки большие распределены через MoGraph. Hair там я не использовал.

Ответить
2
Развернуть ветку
Тарп Хит

Хмм... 🤔
Знакомое лицо, где-то я его уже видел 😑

Ответить
1
Развернуть ветку
Маленький бокал

У него еще есть индийский брат-близнец

Ответить
1
Развернуть ветку
Черри Бомб
Ответить
–34
Развернуть ветку
Маленький бокал

Каеф. А я когда научкой занимался, только ссаные лизиновые дендримеры моделил

Ответить
1
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Ну все начинали с чего-то такого, я помню делал модель АТФ-синтазы со всеми белками и транспортом ионов. Сложно было очень.

Ответить
0
Развернуть ветку
Сергей Галкин

Мужчина, Вы - Крутой!

Ответить
1
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Спасибо!

Ответить
0
Развернуть ветку
Lumiere

Молодец 👍🏻 круто получилось 😎 Очень интересно почитать об этом, а то даже и не знал как оно делается)

Ответить
1
Развернуть ветку
Саша Косенко

Вот это работа у Вас!

Ответить
1
Развернуть ветку
LuNature

Прото малекула

Ответить
1
Развернуть ветку
Boruh Zackelberger

O, sweet summer receptor...

Ответить
0
Развернуть ветку
Ursus Mursus

Ты очень крут! Один из самых интересных постов на дтф за последний месяц или два.

Ответить
1
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Ну честно даже не думал, что такое будет интересно, спасибо!

Ответить
0
Развернуть ветку
Ult

Очень крутой рендер! Уважение!

Ответить
1
Развернуть ветку
Римус Люпин

низкий поклон

Ответить
1
Развернуть ветку
Smart Box

Как я помог исследователям увидеть тот самый коронавирус

Так вот из-за кого весь бардак начался.

Ответить
1
Развернуть ветку
Hariy Droband

Ну ты сукин сын

Ответить
1
Развернуть ветку
zabóta

На морскую мину больше похоже, а не на корону. Опять СМИ нас обмануло...

Ответить
1
Развернуть ветку
Suzume-sama said Xmas vibes

Ого, ты крут!

Ответить
1
Развернуть ветку
Александр Жохов

Молодец! Очень круто

Ответить
1
Развернуть ветку
Иван Куренский

Эх, тоже бы хотелось повоспроизводить его визуально, а не выделять его РНК из биоматериала тысячами в день=)

Ответить
1
Развернуть ветку
Jack O-Lantern

Круто! 👍 А этим можно тыкать в адептов, что вирус не выделен и его не существует??

Ответить
1
Развернуть ветку
Bill Bill

А какое у Вас образовнаие?

Ответить
0
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Основное - магистр по электроприводу и автоматизации промышленных систем и роботов.

Сейчас в планах еще закончить MBA и получить диплом по Data Science.

Ответить
1
Развернуть ветку
Dmitry Bulanov
Ответить
0
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Ну хватает на то, чтобы снимать дом в Калифорнии =)

Ответить
1
Развернуть ветку
Moon nut

А цвета выбраны для, красоты или у вируса такой окрас? У вирусов вообще есть цвет?

Ответить
0
Развернуть ветку
Маленький бокал

Очень круто!

Ответить
0
Развернуть ветку
Sasha Grytsanchuk

Красота

Ответить
0
Развернуть ветку
Deomon

Ого очень круто.

Ответить
0
Развернуть ветку
misterXCV

Ничего себе! Это реально круто!
(скинешь проект C4D?)

Ответить
0
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Могу саму запеченную модель, если надо.

Ответить
0
Развернуть ветку
misterXCV

Не, модель не надо) Я просто хотел посмотреть как оно изнутри всё сделано, поэтому на всякий случай спросил, хотя ответ знал заранее. В любом случае, тебе огромный респект

Ответить
0
Развернуть ветку
Jhon Dou

А сколько моделька весит? -эх , кручу верчу, инвестора хочу.

Ответить
0
Развернуть ветку
Yuriy Svidinenko

Да после запекания очень немного, 20-30 мегабайт всего, я попозже сконвертирую и тут ссылку запощу.

Ответить
0
Развернуть ветку
Артём Тихонов

Круто!

Ответить
0
Развернуть ветку

Комментарий удален

Развернуть ветку
Alexander

Так и запишем: "напечатал коронавирус на 3D принтере"