Многие мультипликаторы покинули студию, а государство перестало поддерживать анимацию. В 1989 году оставшиеся члены коллектива выбрали статус арендного предприятия сроком на десять лет. В 90-х годах «Союзмультфильм» работал как производственная база для других студий. Тогда же студия лишилась здания, где размещалось кукольное объединение. На волне перемен «Союзмультфильм» заключил договор, который позднее обернулся многолетними судебными разбирательствами.