Особо вдаваться не хочется, поэтому ограничимся общей завязкой.

Действия игры происходят в альтернативном Чикаго, а главным героем выступает мужчина, по имени Эйден Пирс. В этой версии Чикаго весь город управляется с помощью единой сети, что, с одной стороны, хорошо, так как облегчает многие процессы, а с другой стороны не очень, так как в любой системе есть свои дыры. Эйден является превосходным хакером, и такими дырами пользоваться умеет. Однажды Эйден решил заполучить много денег, но по стечению обстоятельств, его подельник получает секретные файлы, из-за которых на них начинается охота. В ходе этой охоты погибает племянница Эйдена. Наш мститель, естественно, не оставит этого просто так, и начнет вести свое расследование, кто стоит за этим всем.

Возможно сумбурно, непоследовательно, но как смог. Это ключевая завязка сюжета Watch Dogs, и в этом ключе и будет развиваться вся игра.