Для модов юзай Mod Organizer 2, сэкономишь себе кучу нервов, серьёзно. Это самый удобный софт, ибо он не засоряет саму игру, а как бы накатывает поверх именно на время игры. Собственно там в папочке с модами для скачанных модов будут и конфиги, и боди слайды всякие запускать надо будет через него же. И будет у тебя скарим чистенький, не снесёшь ни разу))

А вот скайрим выбирай в зависимости от модов, которые ты хочешь поставить. Не все моды есть на LE, которые есть на SE, и наоборот. Кто-то забрасывает версию для LE и развивает ток SE и тд. Если таких предпочтений нет, то смотри сам, у LE больше модов, а SE вроде как имеет версию движка новее(стабильнее он или нет - хз, попробуй прогуглить тесты на английском).

Сам сижу на LE)