Встроенная система защиты Encrypted File System в новых приложениях Microsoft, скачиваемых через Windows Store, работает таким образом, что расшифровывает файлы формата .appx «на лету», что значительно усложняет какое-либо редактирование файлов.
Проблемы, возникающие при использовании этой системы шифрования — подвисание картинки и задержка между нажатием и действием на экране. О них сообщают различные пользователи персональных компьютеров, но без каких-либо доказательств.