Всегда рубили, Байек его клинком случайно потерял.
Точнее, его во второй части уже перестали рубить, так что примеров не так и много.

Во второй устройство поправил Леонардо вроде и отрубать не нужно было, в первой Альтаиру отрубали

байек отрезал палец случайно из-за скрытого клинка, остальные резали в качестве проходного испытания и чтобы этим самым клинком пользоваться

Скрытым только Байек себе отрезал

Ну насколько я помню, его тебе отрубали, а не ты сам себе. И да. Он не терялся, его заранее убирали ввиду его неудобства в использовании. А до второй части принцип его работы усовершенствовался, поэтому жертва пальцем стала бессмысленной