Но всё это не так важно, как то, что город Тарков стал полигоном для российских и иностранных экспериментов, которые включают в себя генную инженерию, биологические и радиационные оружия. В результате этой битвы город погрузился в полный хаос. Игроку предстоит выбрать одну из сторон и бороться за контроль над Тарковом, постоянно сражаясь с врагами, исследуя опасные зоны, параллельно находясь в поисках ценных ресурсов для выживания. В принципе, это и является основной целью в игре.