А где там три порта х16??? Их всего два и они оба x16. А работа второго порта/нижнего зависит от установленного процессора и видеокарты в первый порт. Без вводных данных не ясно, а так скорее всего нижний порт x8 при включенной на видеокарте и всё должно работать. А на то что нужно х8 2.0 можно не смотреть, материнка сама переключит. А так даже видеокарту при малых нагрузках материнка всегда переключает слот в x16 2.0 и подымает динамически.