в третьей части ВООБЩЕ НЕТ филлерных миссий

Ну это как посмотреть. По сути, вся сюжетная линия с Цербером — один большой филер. Если смотреть на структуру игры, очень хорошо видно, что Призрака сделали антагонистом чисто ради разнообразия, чтобы игрок не сражался со жнецами каждую миссию подряд. Объективно, Церберу нет никакого резона делать то, что он делает, нет возможности быть там, где он оказывается и нет шансов представлять такую угрозу, какой его рисуют. Но разработчикам очень надо подсунуть еще каких-то противников, кроме жнецов, поэтому Цербер пришивают белыми нитками повсюду.

Скажу страшную вещь — концовки Mass Effect 3 вполне логичные и прекрасно встроены в сюжет игры.

"Настоящая" концовка ME3 — это финал DLC Цитадель.
Разверну тейк: авторы еще во второй части поняли, что им по сути нечего сказать про противостояние Жнецам и задвинули весь центральный сюжет в дальний угол. Они решили сосредоточиться на персонажах и подсюжетах Кроганов и Кварианцев. И они сделаны реально ахуенно, сложно придраться. Однако. начиная со второй части центральный нарратив про Жнецов движется ровно настолько, насколько это надо для развития персонажей. В Цитадели они окончательно перестают прикидываться и нам противостоят какие-то мутные наемники из ниоткуда. Потому что это вообще неважно. Важны Шепард и его команда. Их взаимоотношения, шутейки и новое приключение в их компании, а уж против кого они там воют — дело десятое.
И я бы не сказал что это плохо, игра отличная, персонажи прекрасные, боевка — лучшая в серии. Люблю и игру и трилогию в целом.