Пожалуй Chrono Trigger, NWN 2 Маска предателя и Xenogears (с оговоркой на вырезанный контент последней).
В Триггере приятно было путешествовать с каждым. В Маске предателя - ещё и отличная система взаимодействий.
Ну а в гирсах могли быть прекрасные сюжетные ветки каждого напарника, но не судьба. Ну и ещё там Чу-чу, а это - пздц.