Несмотря на все преимущества, микрозаймы имеют и свои недостатки. Во-первых, проценты по таким займам часто значительно выше, чем при обычных банковских кредитах. Это связано с высокой степенью риска, которую несут МФО. Высокие процентные ставки могут привести к тому, что заемщик окажется в кредитной зависимости, если не сможет вовремя погасить свой долг.