Нас обманули и ниндзя не носили черную одежду. С добрым утром.

На "задании" они были в разной одежде, в зависимости от ситуации и места где это задание проходило, чтобы не выделяться из толпы, ведь основная их задача была подслушивать и разнюхать какую-либо инфу.
Все остальное, что мы имеем-это переплетение двух культур.
Ранее был и есть до сих пор, японский кукольный театр, где были работники, которых называли "Курогу" - (яп. 黒子, «чёрный человек»/«чёрная одежда»)

Из-за черной одежды на черном фоне, они были максимально не заметны и создавалось ощущение, что они " невидимы"
А, потом, появился чел, который впервые нарисовал ниндзя в черной "невидимой" одежде: Кацусика Хокусай. И с 1817 года все его работы отражали в себе современный образ персонажа.

немного редачу:
Нет, черной одежды не было. Были другие оттенки.

Снаружи синоби-сёдзоку окрашивали в красновато-коричневые, пепельные, желтовато-коричневые или тёмно-серые оттенки. Эти цвета позволяли слиться с ночной мглой, тогда как абсолютно чёрный костюм резко выделяется в этих условия, а с изнанки костюмы красили в жёлтый, голубой или белый цвет. Встречается также описание "двухцветного" костюма - тёмной окраски снаружи и белой с изнанки.
Но черной не было. Ясно вам?