Что-то с принятием решений неплохо подходит.
Причëм кризисные ситуации можно генерировать исходя из тех студентов которые прибыли/дожили до следующего курса.

Таким образом можно и сложность/специфику подкручивать (набрать класс только девочек, или шальную троицу из разряда "почему когда что-то случается, рядом оказываетесь вы? ")

При этом цикл можно как раз на курсы завязать. На первом совсем дети, поэтому и задания попроще, а к 4ому уже кто-то опытный, а кто-то отрастил тентакли, поэтому можно отправить к дракону.

Цель игры - довести до выпуска как можно больше студентов, и что бы они получили как можно больший балл.

Можно подвязать вторичные задания из всë той же книги: грохнуть тëмного лорда, победить в турнире с другими школами, заромансить всех преподов.

Прокачка школы, требования от министерства.
Не прокачали теплицу, но сверху пришло требование срочно вводить пары по травоведению - занимаемся в лесу, с последствующим сбеганием растений восвояси. И теперь из леса приходят странные накуренные существа и похищают студентов.

Ну и да, раздолье для пасхалок и шутеек.
Референсы можно брать из: magicka, rimworld, regins, dwarf fortess.