Controller Companion полностью закрыл для меня эту проблему. В играх автоматически отключается, чтобы не мешать управлению с геймпада, при выходе на рабочий стол снова автоматически включается. Удобно. Наверняка аналоги тоже такое умеют, но эт показалась более легкой. Для каждого процесса или игры можно создать отдельные профили.