Ну я для себя почему-то объяснил это так:
во времена старой республики красный цвет был у сепаратистов, республиканцы с зеленым цветом были
во времена империи, которая была реорганизованной республикой, они использовали тот же цвет, пушо типа официальная власть, а повстанцы соответственно красный