Странная история. :( 
Возможно ерунда, но может проблема в том что видеокарта работает в слоте х8 и стоит переставить в верхний слот PCie x16? Больше идей нет, если узким местом системе не является ни ЦП, ни псп ОЗУ, ни ГПУ :(
Остаётся причуды ОС. Либо снести и тестить на чистой системе, либо можно диск отдельно закинуть в систему (самый дешёвый ssd на 120) чтобы исключить/диагностировать проблемы с Виндой.