На протяжение всего сюжета, черепашки знакомятся с внешним миром и с людьми, населяющими его, а также ищут себя. Постепенно, они находят других, подобных себе мутантов, с которыми сначала конфликтуют, но затем объединяются, дабы дать отпор общему врагу, — озлобленному на человеческий род мутанту, Суперфлаю. В конечном итоге, они побеждают его общими усилиями, а сами черепашки получают признание и становится полноценными членами общества.