В 2006 году на PlayStation 2 вышла Persona 3, изменившая серию до неузнаваемости. В игру добавили систему «социальных связей». Теперь игроку надо было выбирать с кем дружить, в какой школьный кружок записаться и прочее. Всё это самым прямым образом влияло на боевую систему. Каждый аспект социальной жизни главного героя влиял на его арканы карт Таро (для простоты будем считать их очередными параметрами персонажа), а они, в свою очередь, на Персон героя.

Подземелья превратились в Башню, которая была доступна только в ночное время. Приходилось «маневрировать» между симулятором свиданий и глубокой боевой системой. Такой геймплейный контраст преподносил то самое погружение в мир героя, благодаря которому игра и запомнилась фанатам.

Визуальная составляющая также претерпела изменения. Общий стиль стал близок к аниме того времени. Характеры, как и настрой игры, слегка сбавили в серьёзности, хотя шокирующие сцены иногда всё же всплывали: для призыва Персоны герои должны были стрелять себе в голову из пистолета. Серия изменилась, но от этого не потеряла в сложности и смогла найти новых фанатов.