Просто не нужно пытаться вывернуть героя наизнанку, создавая высосанные из пальца проблемы. В том же Far Cry 5 это дико бесит: вот ты занимаешься своими делами, наводишь порядок в округе, и тут вылезает из ниоткуда сюжетная кат-сцена с кучей сюжетных дыр, где тебе начинают втирать какую-то пропагандистскую ересь. Это не "мораль", это что-то из области японских мультиков, где авторы могут всю взорвать вселенную только чтобы привести отношения героев в состояние, в котором иначе они в принципе оказаться не способны.

Не знаю, чего хотят от автора его читатели, но когда начиналось продвижение идей "серой морали" в игрострой, игроки ждали совсем не того, что описано выше. Игроки хотели человечных героев, которые не обязаны быть олицетворением Бобра. Та психбольница, в которую превратились приведенные автором в пример игры, не имеет ничего общего с "серой моралью". Mass Effect, где Шепард остаётся героем, но может наорать на правителей целой расы или хряснуть по роже задолбавшую журналюгу; Dragon Age, где вчерашние спасители могут превратиться в игрушки мирового зла из-за того, что думают, будто "высокая цель оправдывает любые средства"; Pathfinder: Kingmaker, где герой должен любыми путями защитить свою новорожденную державу от множества врагов, внешних и внутренних, и может это сделать как гибкой дипломатией, так и жесткой диктатурой - вот примеры той "серой морали", которую игроки ждут от игроделов. 

Секрет хорошего сюжета прост: не нужно рассказывать об извращениях, нужно рассказывать о людях.