Отказались и от эпизода на природной аномалии, где «Монарх» построил завод для добычи хрононов. Героям нужно было бы проникнуть и выкрасть контейнеры с частицами, а уровень представлял собой странное и сломанное пространство из-за аномальности места.

До финальной версии игры не добралась и способность под названием «Split»: она позволяла Джеку «раздвоиться», а объяснялось это вызовом двойника из альтернативной временной линии. Предполагалось, что Джек будет вызывать своего двойника в самые неподходящие для него моменты: так, второй Джек мог появиться посреди битвы в одном полотенце и с резиновой уточкой в руках. От способности отказались, так как по мнению разработчиков геймплей становился слишком повторяющимся и недостаточно веселым.