Ну нет, с Шеймусом можно не соглашаться, когда он докапывается до мелочей, типа:
- Откуда Призрак и Шепард знают, что в противостоянии с коллекционерами им понадобится наёмный убийца, специализирующийся на устранении соло-таргетов? Зачем вербовать Тейна? А может, в нужный момент на самом деле понадобится команда инженеров, чтобы там как-нибудь базу взорвать? Нет, персонаж хороший, но неубедительно.
- Ну вот так вот, Шеймус. Шепард - это ударный кулак, он собирает команду спецназа, которая должна решать боевые задачи. Для этого мы вербуем парней, которые лучче всех обращаются с пушками, биотикой и мультитулом. А инженеры и остальные? Ничего страшного, они есть, они на борту Нормандии, но за кадром, это игровая условность.

Но в плане сотрудничества с Цербером он прав. Дело не в самом факте сотрудничества, а в том, насколько грубо и наскоро это было пришито белыми нитками. После ME1, где Цербер представлен в сугубо негативном ключе, второй части нужно было потратить больше усилий и времени, чтобы обосновать это сотрудничество, но она просто с самого старта окатывает игрока холодной водой и потом лишь вяловато оправдывается.
Ну например, по поводу белых ниток: сценаристам надо было железно привязать Шепарда к террористическому Церберу. Можно, конечно, устроить радикальный голливудский бабах: без причины напасть на коммандера, сомнительно, в стиле b-movie, убить-воскресить его, взорвать-построить новый корабль, и вот Шепард должник. Но можно было и лаконичнее: достаточно, чтобы Цербер просто спас Шепа-Нормандию из любой безвыходной ситуации попроще, поманить коммандера ("вижу, ты шляешься без конкретного дела, у меня есть ниточка по Жнецам, го с нами и я поделюсь"), добавить организации больше глубины и контекста, где она предстаёт в хорошем свете (Шеймус как раз говорил в прошлых главах, что не хватает квестов на эту тему), чтобы Шепард не совсем уж через силу работал с ней. Да, такой вариант потребовал бы больше экранного времени и говорильни, потребовал бы ещё времени/ресурсов на реализацию, которых, возможно, и не было. Может, на первом варианте и остановились, потому что это "быстрый" пролог, но менее куцым он от этого не становится.

Согласен с тобой по многим пунктам, при этом хочу отметить, что во время своего повторного прохождения МЕ2 за ренегата (нижние варианты в колесе), общаясь с Призраком, часто ловил себя на мысли "черт возьми, а ведь этот парень заслуживает моей дерзости, а, возможно, даже и больше" (привет, Эмили Вонг).
Если бы сценаристы дали Шепарду возможность отпочковаться от Цербера на середине игры и начать самостоятельную операцию, сюжет бы от этого только выиграл, имхо.