В конце концов выясняется, что комплекс построен на древнем корабле пришельцев, разбившемся на Земле. Внутри него даже есть огромный купол с инопланетной флорой и фауной. В центре управления Даниэль подключается к компьютеру чужих и начинает выдавать игроку задания от их лица — теперь он должен собрать украденные людьми технологии, для чего ему приходится вернуться в комплекс.

В процессе выполнения заданий Даниэль тайно связывается с игроком и дает ему возможность предать инопланетян. Также в документе указано, что разработчики хотели создать прочную эмоциональную связь между игроком и этим персонажем.